Cena sklepu internetowego jest uzależniona od bardzo wielu czynników, przede wszystkim zależy od jego skomplikowania, dodatkowych, specjalistycznych modułów oraz faktu czy sklep ma być oparty o gotowe rozwiązanie czy pisany od podstaw pod konkretne potrzeby klienta(autorski sklep internetowy może być nawet kilkukrotnie droższy).
W większości przypadków klientom wystarcza sklep bazujący na sprawdzonych rozwiązaniach, bardzo rzadko zdarza się, aby nie było możliwości dostosować ich pod konkretne wymagania klienta.